Kenshin telah menyelesaikan kehidupan barunya dengan Kaoru dan teman-temannya yang lain ketika dia didekati dengan permintaan dari pemerintah Meiji. Makoto Shishio, mantan pembunuh bayaran seperti Kenshin, dikhianati, dibakar dan dibiarkan mati. Dia selamat, dan sekarang berada di Kyoto, merencanakan bersama prajuritnya yang berkumpul untuk menggulingkan pemerintahan baru. Melawan keinginan Kaoru, Kenshin dengan enggan setuju untuk pergi ke Kyoto dan membantu menjaga negaranya agar tidak jatuh kembali ke dalam perang saudara.
